Đã có nhiều tranh cãi khác nhau về nguyên nhân khiến Lê Công Tuấn Anh quyết định tự tử. Giả thiết được nhiều người tin theo nhất khi đó là do việc kết thúc mối quan hệ của nam diễn viên với bạn gái Minh Anh. 12 năm sau ngày mất của Lê Công Tuấn Anh, người mẫu Minh Anh đã bất ngờ trở về từ Singapore để lên tiếng về sự việc,[1][6] theo đó cáo buộc diễn viên Đào Vân Anh, lúc đó là một diễn viên mới gia nhập đoàn kịch nói Thành phố Hồ Chí Minh,[19] là người thứ ba khi xen vào chuyện tình cảm của hai người. Vân Anh sau đó đã phủ nhận điều này và cho biết Lê Công đã chia tay với Minh Anh trước khi muốn tiến đến một mối quan hệ với cô, dù sau đó cô đã từ chối.[20][21][22] Cô cũng tiết lộ rằng sau khi nam diễn viên mất, cô luôn bị Minh Anh quấy rối, thậm chí là tố cô có thai với Lê Công Tuấn Anh.[23] Dù vậy, đạo diễn, Nghệ sĩ nhân dân Nguyễn Hữu Phần lại cho rằng anh chết vì "quá cô đơn", như trong cuộc trò chuyện của nhạc sĩ Trịnh Công Sơn với Lê Công Tuấn Anh, ông đã nói rằng: "đây là một người rất nghệ sỹ và vô cùng cô đơn".[2]